Ambientado na floresta peruana, o filme narra as aventuras de Dora (Isabella Merced) junto de seu macaco Botas, amigos que acabou de fazer na escola e um misterioso explorador a fim de salvar seus pais de mercenários. Mas Dora também terá de solucionar um grande mistério envolvendo Parapata, uma antiga cidade perdida dos Incas.
