Em Alexandria, no ano de 391, Hipátia é professora de astronomia e matemática, além de filósofa. Um dos seus alunos, Orestes, está apaixonado por ela, assim como o seu escravo Davus. Juntos, eles deverão lutar contra extinção da biblioteca local e outras grandes instituições, que não devem sobreviver quando o Cristianismo ganha poder político na cidade.
